這一群孩子或多或少會有一些造成睡眠困擾的共病症，例如呼吸中止症(連結)、癲癇、胃食道逆流、憂鬱症、焦慮症、注意力不集中及過動症候群。此外，治療這些共病症所用的樂物，例如興奮刺激藥物、抗癲癇藥、精神科用藥，也都會影響睡眠。

雖然缺乏大規模的研究來證實療效，但是這篇系統性回顧文章仍然認為以家庭為主的行為認知治療(不論是否有使用褪黑激素)是可以改善睡眠。而這些孩子睡眠問題使用的行為認知治療方式和正常發展的孩子所使用的方式是相同的，並沒有太多不同之處。(方法可以看這篇，這篇，這篇)

研究證實有效，但建議針對行為治療成效不佳或是共病症較多的孩子，且應該使用藥品等級。使用劑量要慢慢調整，不要超過每天10mg。常見不良反應有睡醒時感覺昏昏沈沈、尿床次數增加、頭痛、頭暈、腹瀉、體溫低。

雖然目前無長期使用的副作用被報告，但仍然建議應該規律評估用藥的需要性和反應。

雖然只是針對自閉症候群的孩子提出的建議，但其實應用在其它特殊族群孩子的睡眠問題也十分適用。然而在臺灣遲遲無法有合法的褪黑激素上市，所以在藥物選擇上就少了一個好幫手。

摘要如下